Основное здание Музея с 1934 года находилось в церкви Иоанна Богослова под Вязом на Новой площади. А в 2006 г. Правительство Москвы передало Музею новое помещение - комплекс "Провиантские магазины" для создания универсального музейного комплекса XXI века "Музей Москвы". В планах Музея и городского Правительства - полная реконструкция уникального архитектурного комплекса и приспособление его зданий под музейные цели в соответствии с новейшими достижениями музейных технологий.

В комплексе "Провиантские магазины" экспонируются временные выставки из фондов Музея, организовываются межведомственные, межрегиональные и международные выставочные проекты, проходят концерты, спектакли, молодёжные фестивали, литературно-музыкальные салоны и вечера камерной музыки. С большим успехом проходят значимые городские программы: "Московский международный музейный форум", "День города", "Дни исторического и культурного наследия Москвы", "Новогоднее представление", акция "Ночь в музее", открылась и пользуется большой популярностью среди юных москвичей детская игротека "Солнечная столица".